Calahorra, sede episcopal, que ostenta los títulos de Muy Noble, Muy Leal y Fiel, celebró el bimilenario de su fundación en 1982, pero la presencia humana en la zona es muy anterior: del periodo denominado Musteriense (Paleolítico Medio) hay numerosos restos líticos procedentes de nuestro término municipal (La Marcú, Montote ó Perdiguero).
Mil años antes de Cristo, grupos de cultura indoeuropea comenzaban a asentarse en esta comarca: el yacimiento de Sorbán, excavado entre 1978 y 1984, es prueba de ello, junto a otros yacimientos similares detectados en la zona: Torre de Campobajo, La Marcú, El Valladar, Pozo de la Nevera, etc. Para el segundo siglo a.C. estas poblaciones dispersas desaparecen y surge con fuerza la celtíbera Kalakorikos como importante centro urbano de toda esta zona del valle medio del Ebro.
En el siglo I a.C. la presencia romana y su influencia es completa. Tiberio Sempronio Graco funda Graccurris (Alfaro), que se convirtió con Calahorra (Municipium Calagurris Iulia Nassica) en la cabeza de puente para la posterior anexión militar del norte de la península.
Del asedio y destrucción de Kalakorikos en el año 72 a.C. en el marco de las guerras sertorianas, convierten a nuestra ciudad en una segunda Numancia, y surge gracias a los autores clásicos, la primera cita histórica de Calahorra, acuñándose la «Fames Calagurritana» para justificar la necesidad de los sitiados de comer carne humana para poder sobrevivir.
El emperador Augusto concede el sobrenombre de Iulia, alcanzando gran esplendor y surgiendo una ciudad a imagen y semejanza de Roma. Los restos arqueológicos recuperados delatan la presencia de grandes mansiones, termas, circo, templos, etc.Y su importancia estratégica la convierten en ceca durante tres periodos históricos: en las guerras sertorianas, en los reinados de Augusto y Tiberio, y ya en época visigoda bajo el reinado de Suintila.
En Calahorra, nació Marco Fabio Quintiliano, a mediados del siglo I d.C. y es autor de la Institutio Oratoria: tratado de retórica y pedagogía considerado como un manual para la educación de los romanos. Fue el primer retórico con sueldo del estado romano. Ocupó importantes cargos administrativos, y fue educador de hijos y sobrinos de varios emperadores romanos.
Por primera vez se cita a Calagurris en relación con la religión cristiana con motivo del martirio de San Emeterio y San Celedonio, hacia el años 300 d.C., siendo los actuales patronos de Calahorra y de su diócesis. En el lugar del martirio, a orillas del Cidacos, surge la actual Catedral de Santa María.
El año 348, nace Aurelio Prudencio Clemente. Desempeñó altos cargos en la Administración romana de la época, siendo gobernador de importantes ciudades. Escritor prolífico, redactó casi once mil versos, en composiciones métricas que seguían los ritmos latinos clásicos. Se le considera el educador de Europa durante la Edad Media. En 1998, se celebra el 1650 aniversario de su nacimiento, y con tal motivo, la Asociación Amigos de la Historia de Calahorra, inaugurará a primeros de marzo un monumento en su honor.
En este mismo siglo IV se formaría la sede episcopal de Calahorra, que con el tiempo llegaría a ser la capital religiosa de gran parte del norte de la Península, abarcando desde la cordillera Ibérica hasta el Mar Cantábrico. Los datos de los primeros obispos nos son desconocidos, pero en el siglo V ya tenemos perfectamente documentada la existencia de una obispo calagurritano, de nombre Silvano.
Durante la dominación árabe, Calahorra fue una ciudad codiciada por musulmanes y cristianos dada su importancia estratégica. Fue conquistada y perdida varias veces, hasta que el rey García III de Nájera, la conquistó para el Reino de Navarra en abril del año 1045. A partir de esa fecha, fueron los reyes navarros, aragoneses y castellanos quienes se la disputaron encarnizadamente.
El año 1366 fue proclamado Rey de Castilla, Don Enrique II , conde de Trastámara.
Muy importante fue la judería de Calahorra, emplazada en lo que hoy es el Rasillo de San Francisco, hasta su expulsión en 1492. Tenían sus propias leyes, recinto amurallado, etc, y en Calahorra pasó una importante parte de su vida el literario, astrónomo y poeta Abraham Ben Ma.Ir Ben Ezra: uno de los grandes personajes de la cultura hispano hebraica.
La conquista de Navarra por los Reyes Católicos en el año 1512, supuso la definitiva pacificación de la frontera militar castellana con Navarra y Aragón.
En el año 1564 nace en Calahorra, el P. Juan de Jesús María, prepósito General de los PP.Carmelitas. Escritor prolífico y actualmente en proceso de beatificación. También de Calahorra es Pedro García Carrero, médico de Felipe II.
Calahorra es punto importante en el camino de Santiago en su ruta del valle del Ebro, y Ramiro I proclamó en el siglo IX el Voto de Santiago en la Catedral de Santa María, que estuvo vigente hasta la promulgación de la Constitución de las Cortes de Cádiz.
Y ya para terminar con esta brevísima historia de Calahorra, decir que el Museo Municipal, actual Museo de la Romanización, se guarda una importante colección arqueológica, fruto de las excavaciones realizadas en la ciudad, y de donaciones (Pedro Gutiérrez Achútegui, Amigos de la Historia de Calahorra y particulares).